Sviluppo dei modelli i farmacoforici attraverso il software LigandScout di Inteligand che consente di creare diversi modelli farmacoforici basati sulla struttura e/o sul ligando, definendo i gruppi funzionali complementari essenziali che possono essere condivisi dai ligandi proteici. Le strutture cristalline di complessi disponibili nel database PDB forniscono informazioni dettagliate sulle interazioni di legame dei complessi binari tra NA o HA e i loro rispettivi inibitori. Grazie ai modelli farmacoforici vengono eseguiti screening virtuali in banche dati di small molecules (composti di sintesi, composti naturali e farmaci attualmente in terapia), che una volta selezionate vanno in contro a processi  di docking molecolare e simulazioni dinamiche. Si impiegano programmi come Glide, Gold, Autodock e Desmond. La predizione in silico delle proprietà fisico-chimiche e ADME (solubilità, lipofilia, permeabilità cellulare e così via), calcolata in silico tramite il software Percepta ACD/Lab, è preliminare ai saggi biologici.